Estão a decorrer actualmennte no ISCISA, quatro cursos de mestrados nomeadamente:

1. Mestrado em Pedagogia e Didática em Saúde;
2. Mestrado em Organização e Gestão Pedagógica;
3. Mestrado em Ciências de Saúde.
4. Mestrado em Estatística e Planificação em Saúde